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À sa création, l'Atelier d'études, sous l'impulsion de Jean Duron, a défini plusieurs priorités en termes de recherche, d'édition et de valorisation patrimoniale, concernant les genres musicaux et les périodes les plus défavorisés.
Des activités de recherche ont ainsi été ouvertes, certains réalisées collectivement, d'autres confiées à un chercheur spécialiste du domaine considéré. La plupart de ces activités ont toutes, depuis près de vingt ans, donné lieu à une production scientifique de première importance : publication d'ouvrages musicologiques, d’éditions critiques et pratiques, de diffusions numériques de catalogues de genre ou d'auteur, colloques et journées d'études…, réhabilitant parfois des pans entiers de notre patrimoine musical ou contribuant à la redécouverte de compositeurs majeurs injustement tombés dans l'oubli.